真菌性肺炎康复时间与感染的真菌种类，以及感染的程度等因素有关。例如肺念珠菌感染的患者，一般其疗程多在临床症状消失，肺部阴影吸收时，其康复时间一般多需要2-3周以上的时间，部分患者可能需要1个月左右。对于肺曲菌病的患者，其抗真菌的时间会明显的延长，其疗程多需要3-4个月左右。对于肺隐球菌病，其康复时间除了感染的程度外，还与患者免疫力有关，对于免疫力正常的患者，一般抗真菌时间在半年到1年左右。但对于免疫抑制的患者，特别是艾滋病患者合并有脑隐球菌病时，患者可能需要1-2年的康复时间，严重的艾滋病患者还有可能要终身用药。故因不同种类的真菌性肺炎其病情不同，其康复时间亦有不一样，要具体的分析和判断。
