肛瘘的位置分布是以外括约肌深部为界限，瘘道位于此界限以下称为低位肛瘘。瘘道经过此界限以上的为高位肛瘘。其中低位肛瘘又分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。低位单纯性肛瘘指仅有一个瘘道，且位于括约肌深层以下，内口在肛窦处。低位复杂性肛瘘由两个或两个以上的瘘道及外口，有一个或两个以上的内口，开口于肛窦处。高位肛瘘又分为高位单纯性肛瘘及高位复杂性肛瘘。高位单纯性肛瘘仅有一个瘘道，并且经过外括约肌深部以上。内口位于肛窦处，高位复杂性肛瘘有一个或一个以上的外口，主瘘管经过外括约肌深部以上，有一个或多个内口。
