肛瘘分为低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘以及高位复杂性肛瘘，低位单纯性肛瘘仅有一条管道，且在肛管直肠环以下，低位复杂性肛瘘具有两条以上管道，位于肛管直肠环以下具有两个以上外口或者内口，高位单纯性肛瘘只有一条管道，穿越肛管直肠环或者位于脐上，高位复杂性肛瘘管道有两条以上，位于肛管直肠环以上且有两个以上的外口或者内口，此外，瘘管主管在肛提肌以下呈环形或者半环形的称为低位马蹄形肛瘘，瘘管主管在肛提肌以上呈环形或半环形的称为高位马蹄形肛瘘，与马蹄形肛瘘内口多在截石位6点，称后马蹄形或者12点称为前马蹄形，一般临床上会根据肛瘘的严重程度决定手术方式，一般低位的单纯性的肛瘘就采取直接切开或切除的手术方式，如果是高位的或复杂性肛瘘一般都采取肛瘘的挂线治疗。
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