妇儿分院新生儿科拥有1300平方米，系重庆市特色专科、重庆医科大学附属儿童医院新生儿诊治中心对口指导科室。新生儿科按照国家新生儿病房标准，设置新生儿重症监护室、新生儿隔离病房及早产儿室、足月儿室、新生儿配奶间、沐浴室、隔离患儿沐浴室、处置室、治疗室、家属接待室等功能系统。
科室拥有全封闭的全托式病房，配备了中心供氧、中心吸痰、中央空调、32个德国Drager吊塔、34台婴儿培养、多台床旁心电监护及输液泵及空氧混合仪，以及PB840呼吸机、千禧呼吸机、无创呼吸机CPAP等一大批先进仪器。采用国家新生儿病房先进设施设备配置的新生儿科重症监护室（NICU），对急危重症新生儿的救治，已达到重庆儿童医院的治疗水平。
科室开展新生儿各种常见病、多发病的诊治，各种宫内感染（TORCH）所致疾病的诊治，常见遗传代谢性疾病的筛查，早产儿、极低体重儿监护治疗及管理，新生儿黄疸诊治，新生儿窒息、缺氧缺血性脑病、颅内出血综合治疗，各种新生儿危重症的监护及抢救等。
科室承担全区98%的新生儿相关疾病诊治，拥有专业医护人员24人，其中副高2人、主治1人，护师多名，年均收治新生儿1000名左右，成功救治孕29周、体重1000g左右的早产儿及新生儿疑难病症数例。
新生儿科通过“新生儿抚触”、“患儿鸟巢”、“患儿床罩”等环境打造，以及“家属视频探视”等爱心措施，全力打造“我们用心、妈妈放心、宝宝开心”的“爱心科室”。
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