陕西电子409医院病理科拥有获中国首届科学博览会金奖的《多功能真彩色病理图像分析系统》并配置日本奥林巴斯BX-40生物显微镜及恒冷式冰冻切片机、莱卡切片机、生物组织脱水机，包埋机等自动化制片设备。可进行细胞DNA含量倍体分析，组织细胞AGNOR分析，免疫组织化学分析等十五项病理分析功能，是当前医学领域中使病变诊断从依靠经验走向量化指标的一项新技术，为病理形态学客观科学的定量提供了一个新的实用手段，成为病理诊断和研究不可缺少的重要工具。
陕西电子409医院病理科现有副主任医师、主治医师等三人，组成疑难病例会诊小组，每年接受基层医疗单位送检标本及会诊切片近千例。开展的检查项目有:脱落细胞学检查/活体组织检查/组织化学、免疫组织化学检查/冰冻切片检查/尸体解剖病理检查/病理切片会诊。
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