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核磁共振能检查肾囊肿的大小，是评估肾囊肿的常用影像学手段之一。核磁共振成像具有高分辨率、多平面成像优势，可清晰显示囊肿位置、大小及与周围组织关系。
核磁共振通过磁场和射频脉冲生成断层图像，对软组织对比度优于CT检查。扫描时可测量囊肿三维径线，精确度达到毫米级别。无电离辐射特性使其适合重复检查，尤其适用于孕妇或儿童患者。增强扫描还能鉴别单纯性囊肿与复杂性囊肿，辅助判断囊内出血或感染。
少数情况下存在检查限制。体内金属植入物患者无法接受核磁共振检查，幽闭恐惧症者可能难以配合完成扫描。极度肥胖患者可能超过设备承重限制。肾功能严重受损者需谨慎使用钆对比剂，避免肾源性系统性纤维化风险。
建议检查前去除金属物品，佩戴心脏起搏器或人工耳蜗者需提前告知医生。检查过程中保持静止可提高图像质量。若发现囊肿增长迅速或伴有血尿、腰痛等症状，应及时到泌尿外科进一步诊治。日常注意低盐饮食、控制血压，避免剧烈运动导致囊肿破裂。
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