溃疡性结肠炎的病因仍然不完全明确，考虑与环境因素、遗传因素以及肠道的微生态改变有关。这三个因素引起了肠道免疫功能的异常，就是肠道的免疫失衡有关，从环境因素来说，越是发达的地区，溃疡性结肠炎的发病率是越高，也就是从这点来说，初步推测环境因素可能是溃疡性结肠炎的主要致病因素，但是具体是哪一类的，环境因素引起来的致病，目前还不清楚。第二个就是遗传因素，溃疡性结肠炎有遗传易感性，就是溃疡性结肠炎的一级亲属，也就是他的父母兄弟姐妹的，发病率是明显的高于正常人的，同时有一些基因的突变，跟溃疡性结肠炎有一定的关系，但是还存在着种族，遗传背景的不同。第三点就是肠道的微生态改变，因为溃疡性结肠炎，病人肠道的微生态和正常人是不同的，通过挑出基因或者造成基因变异以后，做一些溃疡性结肠炎动物的模型，如果没有微生物的时候，是没有炎症反应的，所以也就推测出跟肠道的微生态有关，最后免疫功能的异常。以上三个因素激发了炎症的通路，使得炎症因子的分泌增加，抗炎因子和炎症因子失衡以后，出现炎症持续性的肠道炎症反应，影响了肠粘膜的屏障。
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