脊索瘤患者到了晚期，因为生病的时间比较长，全身消耗比较严重。这种情况下，一般都比较瘦，全身虚弱，会有一些肺部感染、尿路感染、水电解质功能紊乱、褥疮等等各方面的并发症。因为肿瘤比较大，常常会压迫一些重要的神经组织，比如压迫到下丘脑，会造成体温调节中枢异常;压迫到垂体会造成内分泌功能紊乱，尿崩、泌乳、月经不调等。有一些压迫的脑干会导致吞咽困难、饮水呛咳，严重的患者会出现意识障碍、嗜睡、意识模糊、昏迷。有一些患者压迫了第三脑室的底部，引起急性的脑积水，梗阻性的，患者有可能比较短的时间内，就会导致脑疝引起患者的死亡。
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