其实，医院内部的组织设计主要是研究如何合理设计医院内部组织架构、确定组织内部各部门之间关系与合作模式。其本质的要求是精简、统一和高效，一般要遵循这几大原则：
1、拔高原则
在为医院进行组织结构的重新设计时，必须遵循拔高原则，即整体设计应紧扣企业的发展战略，充分考虑医院未来所要从事的行业、规模、技术以及人力资源配置等，为医院提供一个几年内相对稳定且实用的平台。
2、优化原则
任何组织都存在于一定的环境之中，组织的外部环境必然会对内部的结构形式产生一定程度的影响，因此医院组织结构的重新设计要充分考虑内外部环境，使医院组织结构适应外部环境，谋求医院内外部资源的优化配置。
3、均衡原则
医院组织结构的重新设计应力求均衡，不能因为医院现阶段没有要求而合并部门和职能，在医院运行一段时间后又要重新进行设计，牢记一句话：职能不能没有，岗位可以合并。
4、重点原则
随着医院的发展，会因环境的变化而使组织中各项工作完成的难易程度以及对组织目标实现的影响程度发生变化，医院的工作中心和职能部门的重要性亦随之变化，因此在进行医院组织结构设计时，要突出医院现阶段的重点工作和重点部门。
5、人本原则
设计医院组织结构前要综合考虑企业现有的人力资源状况以及医院未来几年对人力资源素质、数量等方面的需求，以人为本进行设计。
6、适应原则
医院组织结构的重新设计要适应企业的执行能力和一些良好的习惯，使医院和医院员工在执行起来容易上手，不能脱离医院实际进行设计，导致医院为适应新的组织结构而严重影响正常工作的开展。
