医疗保险管理信息系统可监测医疗保险运作情况，利用数据预测未来，辅助医疗保险管理机构进行决策，利用信息控制医疗保险运行，帮助医疗保险机构达到规划目标。
一、医疗保险管理中心系统
主要包括系统管理、基础信息管理、审核、基金管理、通讯管理、社保卡管理、查询检索和统计报表等。
1．医疗保险基金管理系统。为医疗保险管理决策者及基金管理人员提供有关医疗保险基金测算、筹集、分配、支付及投资等过程中产生的信息。
2．参保单位管理系统。采录及提供被保人及单位的基本特征信息，对个人的健康状况作详细记载。
3．定点医疗机构管理系统。收集医疗服务机构的规模、服务水平及质量管理等方面的信息，并进行分析评价，对服务机构的服务项目及经费进行核查审计等。
4．医疗保险财务管理系统。为医疗保险管理机构提供有关财务管理信息，准确了解医疗保险经费流动情况、个人帐户及社会统筹基金帐户资金变动情况、医疗保险成本及效益情况。
5．医疗保险机构内部管理系统。为医疗保险管理机构提供内部人、财、物等方面信息。
二、医疗保险社会化服务系统
一般分为综合查询系统业务和处理系统和两个部分，这两个系统都是通过互联网、触摸屏和电话语音作为技术支持。例如提供网络查询账户信息、医疗费用支付情况等信息。
三、医疗保险信息决策支持系统
在快速准确地提供信息的基础上，建立数学模型，对以基金征、收、支、管为主线的医疗保险运作提供可选择最优方案的定量化管理方法。医疗保险信息决策系统有职工就医行为分析系统、医疗保险即时分析系统、医疗保险风险评估系统、医疗保险统计信息系统、数据管理系统等。
