该院神经内科是阜阳市神经内科学会副主委单位，医疗救治水平位居该市前列。经过20多年的发展壮大，目前科室有医护人员36人，其中高级职称5人，主治医师4人，主管护师3人，以及一批年富力强的青年骨干。2018年该院成为中国卒中学会中风120安徽特别行动组成员、安徽省卒中防治联盟单位，首都医科大学宣武医院远程会诊中心，中国科技大学附属第一医院医联体重点协作单位。该院神经内科与北京宣武医院、中科大附属医院、安医附院、蚌医附院等多家知名医院神经内科密切合作，提高了该院脑血管病和神经内科其它疾病的诊治水平。
神经内科共有2个病区，分别在2号楼8楼和9楼。开设床位116张，每个病区都有神经重症监护病房，并和该院重症监护病房密切配合，极大地提高了神经内科急危重症患者抢救成功率。
业务范围神经系统疾病如：脑血管病、癫痫、脑炎、头痛、头晕和眩晕、帕金森病、认知障碍、周围神经病、脱髓鞘病、脊髓病变、肌无力、睡眠障碍及神经内科危重症的抢救等。
技术特色急性脑梗塞发病后4.5小时内可溶栓治疗，是目前世界上最先进的药物治疗手段，可明显提高治愈率减少病残率。
开展脑血管造影和脑血管支架植入技术，脑血管造影能够精确定位脑血管病变，而脑血管支架植入能够解除血管狭窄，使血管通畅，根本上改善了脑供血。
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