阜阳市肿瘤医院儿科分为门诊及病房两个区域；共有医师6人（其中副主任医师1人，主治医师2人），护士10人（其中主管护师4人）；门诊设在门诊楼2楼，由中级及高级职称医师轮流坐诊；病房设在3号楼一楼，分为新生儿及普儿两个病区。新生儿病区设置床位10张，购置有暖箱5台，蓝光治疗仪5台，呼吸机2台；可收治早产儿、巨大儿、低血糖、呼吸窘迫综合征、高胆红素血症等非感染性疾病，以及脐炎、化脓性脑膜炎、败血症等各种感染性疾病的新生儿；普儿病区设置床位20张，可收治各种临床上常见病及疑难性疾病，如各种呼吸系统疾病、肾炎/肾病综合征以及中枢系统感染等，尤其是儿童血液病（贫血、白血病）、小儿实体肿瘤（淋巴瘤、脑瘤等）等。还可以进行一些过敏性疾病的过敏原检测及微量元素检测；化验室已开展末梢血检查血常规及C反应蛋白，影像科可24小时检查彩超、CT及磁共振，协助临床进行快速诊断及制定诊疗计划。
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