西京医院胃肠外科是在原普通外科胃肠病区的基础上，于1991年成立，现为硕士博士学位授权学科，陕西省医学重点学科及优势医疗专科。历届主任有高志清、张贞乾、王俊义、王为忠，老专家孙传兴、巢振南、贾同文、薛涌嘉等教授为学科发展奠定了良好基础。
目前，科室已逐渐形成了以胃肠道肿瘤诊断治疗为基础，以小肠移植、肠内肠外营养、微创手术为优势的临床特色。每年收治胃癌、结直肠癌患者近千例，达到国内先进水平。并陆续开展肛肠疾病的冷冻治疗，建立了胃肠外科实验室、大肠水疗治疗室等。
十几年来，科室在肠内肠外营养方面，进行了大量的研究。在临床上，对危重病人，重大手术如全胃切除术后、重症胰腺炎、肠瘘等病人，开展肠外营养支持治疗同时进行早期肠内营养治疗，抢救了大量危重病人，扩大手术治疗范围，减少手术并发症的发生，尤其是严重威胁病人生命的吻合口瘘等并发症。
1996年开展腹腔镜胆囊切除术以来，该科在微创手术方面屡创新高：2002年在西部地区率先开展了腹腔镜大肠癌根治术，此后相继开展了胃癌根治术、脾切除门奇静脉断流术等；2005年，成功实施了腹腔镜胰十二指肠切除术；2006年，开展了西部地区首例腹腔镜胃束带捆扎术（SAGB）治疗肥胖症，术后患者成功减重35Kg.
1999年，实施了国内首例活体小肠移植术。目前，该患者是全亚洲肠移植受体中存活时间最长的，已参加工作8年余，并建立了幸福家庭。迄今，科室已先后开展了4例活体小肠移植术。
2000年起采用PPH吻合器环状痔切除术，近年来已开展300余例，均取得良好疗效。
2001年起，该科采用双吻合器对中低位直肠癌患者积极施行保肛手术，保肛率达到80%；2005年起对超低位直肠癌无法保留肛门的患者，采用原位肛门成形术，取得满意效果。
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