该院血液净化治疗技术开始于2004年12月，也是瓯海区唯一一家有血液透析室的区级医院。血透室现有德国贝朗Dialog+血液透析机18台、血液滤过机2台、2000L/H循环水处理机1套。
该院针对血液透析费用较高，为减轻血透病人的经济压力，由林正渊院长牵头和慈善总会沟通后，成立了“慈善护肾”项目。在该院透析的瓯海区户籍人口、常住瓯海区（需街道/社区提供相关证明）、长期在瓯海工作（单位提供相关证明）可获得由瓯海区慈善总会提供的补助，特困及严重残疾的获得每年5000元，相对困难的获得3000元。
血透室在不断的发展中也获得了上级医院的帮助。经过该院领导的不懈努力，在附一医徐玉兰主任和刘毅主任的大力帮助下，附一医汪延辉副主任医师定期来该院进行查房，协助该院医生开展动静脉造瘘手术，长期管的维护等新技术，提高了该院血透室的综合实力。
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