南城医院药剂科下设5个组：中药房、西药房、住院药房、药品/耗材库、临床药学组。其中中药房6人，西药房16人，住院药房3人，临床药学组2人。由医务股直接组织考核和安排工作。
药学专业人员26人，其中副主任药师1人，主管药师15人，药师/中药师7人，药士3人。医院发展迅速，药学人员普遍较年轻，有工作热情，热衷于学习和进步。
门诊中、西药房日均调剂处方1500张，住院药房主要负责6个住院科室病人的调剂任务。中药房共有中草药饮片400余种，并配有中药配方颗粒、精制饮片等便于服用的中药饮片，提供中药代煎服务。药房发药窗口采用开放式柜台，药师在前台负责核对、发药和用药交待，保证调配准确性和患者明白用药。另有小窗口对可以对病人进行单独的用药指导和咨询。在“以人为本，一切以病人为中心”工作理念的指导下，不断提高服务质量。
药库负责全院药品的采购、存储及发放工作。药品按要求从政府指定的药品采购平台上统一采购，确保了药品正规的进货渠道和合理的价格。药品供应以保证药品质量为首要原则，近年来药品的管理进一步规范。药房药库都制定了严格药品入库验收、存储养护制度，药品按照相应的温湿度要求保管，定时监控，保证药品质量。确保临床用药安全、有效，供应及时。
临床药学室于2013年设立。承担基本药物统计、阳光用药监查、抗菌药物管理、处方点评、药学会诊、药品评估、药品不良反应收集、药物咨询、药学培训等任务。参与医师用药的管理和规范，积极主动地推动药物的合理使用。
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