泌尿、肛肠外科创建于2006年底，创建之初以泌尿外科为主，后增加肛肠外科业务。2017年10月与南昌大学第三附属医院泌尿外科组成医疗联合体，并成立新建区泌尿外科微创内镜中心。是新建区唯一的具有外科亚专业学科特色的科室。目前科室有医护人员19人，副主任医师2人，主治医师2人，住院医师3人，其中全日制硕士研究生3人。开放床位21张，年门诊量8000余人次，年住院人次400余人次。科室目前拥有汇福康超声吸附及气压弹道碎石设备，司迈等离子前列腺电切镜，美国顺康牌前列腺电切镜、德国雪莉牌输尿管镜、膀胱镜、20瓦功率美国科依人钬激光等设备。
目前泌尿外科诊疗范围：泌尿系统疾病，包括炎症、结石、肿瘤、畸形和外伤等；男性生殖系统疾病；小儿泌尿外科常见疾病，如隐睾、各种类型鞘膜积液等。肛肠外科诊疗范围：
肛肠常见疾病，包括内痔、外痔、混合痔、环形痔、高低位肛瘘、肛裂、肛周脓肿，直肠粘膜脱垂。
开展的手术：泌尿外科方面：微创腔镜手术有经皮肾镜（钬激光、气压弹道、超声吸附）碎石术、经输尿管镜输尿管结石碎石取石术、经尿道膀胱（钬激光、气压弹道、超声吸附）碎石术、经尿道膀胱肿瘤电切术、经尿道输尿管囊肿切开或切除术、腔镜下尿道会师术、后腹腔镜肾囊肿去顶术、后腹腔镜输尿管切开取石术、后腹腔镜肾切除术等。开放手术有肾部分切除术、输尿管膀胱再植术、膀胱部分切除术、肾及肾盂切开取石术、输尿管切开取石术、膀胱切开取石术、输尿管吻合术、肾囊肿破囊去顶术、肾切除或部分切除术、腹膜后精索静脉高位结扎术、成人睾丸鞘膜切除术、小儿隐睾下降固定术、小儿鞘膜积液鞘状突高位结扎术等。
肛肠外科方面：内痔结扎术、外痔切除术、混合痔外剥内扎术、肛瘘切除术或挂线术、根治性肛周脓肿切开术、陈旧性肛裂切除及内括约肌切断术、微创治疗的吻合器痔上粘膜环切术等。
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