该院胸外科成立于1999年，是该院建设的重点专科。目前，科室有医护人员16人，其中医生7人，护士9人。目前，科室有医护人员15人，医疗组7人，其中副主任医师2人，本科7人，护理组9人，其中主管护理师2人，护理师6人，本科学历3人，大专学历5人，中专学历1人.目前拥有普通床位15张。拥有胸外科专用手术腔镜、超声刀、体外循环机、心脏手术室等先进设别和设施。年收治400余人，年手术100多例。该院胸外科成立近20年，经过这么多年的发展，科室建设有了长足的进步，已成为河谷地区领先的专业团队，收到广大各族患者的好评。目前，该胸外科有一支技术力量过硬服务水平高的医护团队，为广大患者提供一流的服务。科室开设的专业有普胸外科和心脏大血管外科，普胸外科能开展：1、肺癌，肺部良性肿瘤、肺感染性病灶，肺结核和肺寄生虫病等的外科治疗；2、食管癌、贲门癌的根治性手术，食管和贲门良性肿瘤、食管裂孔疝、贲门失弛缓症等外科手术治疗；3.胸壁肿瘤、肺大疱、脓胸、气胸等的手术治疗；4、各种类型的纵膈肿瘤、重症肌无力的治疗和手术治疗；5、胸腔镜下食管癌、肺癌。纵膈肿瘤的疾病的微创手术；6、重症胸外伤的抢救和治疗；对胸部重大创伤的救治有很高的水平，并成功抢救胸部外伤多发肋骨骨折合并膈肌破裂、脾破裂患者多例，抢救成功率达95%以上。
科室近年来发展迅速，紧跟国内和国外的先进发展方向。先后多次派遣科室人员外出学习、进修，并与江苏省南通大学附属医院、新疆医科大学第一附属医院、新疆自治区肿瘤医院等建立了良好的合作关系。并与南京鼓楼医院心胸外科签订协议，成立了伊犁州心脏大血管病诊疗中心。目前科室主要开展的业务有：1、各类先天性心脏病的矫治术；2、瓣膜病的诊治：包括风湿性心脏病及退行性心脏瓣膜病的心脏瓣膜置换成形术；3、冠心病的冠脉搭桥术；4、大血管病的诊治：胸腹主动脉及夹层的血管置换或腔内修复术。
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