呼吸系病学科群有着四十余年的深厚传承与历史积淀，呼吸内科为南通市临床医学创新团队，拥有一支实力雄厚的医疗专业队伍，由上海长征医院呼吸内科石昭泉教授领衔。床位规模全市第一，在急重症呼吸疾病抢救、肺部感染、支气管哮喘、慢阻肺、间质性肺病、肺心病、肺栓塞等疾病的诊治方面具有显著特色，是南通地区最早开展无痛支气管镜下肺活检、针吸活检、微波介入治疗、肺泡灌洗技术的医院之一，为支气管及肺内深部难以发现的微小病灶的探查和肺疾病的治疗提供了更多手段，且大大减轻了患者的痛苦。
近年来开展的肺癌规范化化疗、介入治疗及对晚期复发性、转移性肺癌的后续治疗，以及对各种良、恶性气道疑难疾病的经支气管介入治疗等取得了长足的进步，成熟开展经支气管针吸活检术和经皮纵隔穿刺术诊断纵隔疾病;经支气管镜(电凝、圈套、冷冻、球囊扩张术)治疗气道肿瘤;经支气管镜气胸封堵术;内科胸腔镜诊断胸腔积液等呼吸介入诊断治疗技术。
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