重庆医科大学附属儿童医院肾脏内科病房在原重庆医科大学附属儿童医院肾脏免疫病房基础上成立。原病房成立于1979年，系重庆市医学重点学科。肾脏内科病房成立于2016年，系中华医学会重庆市分会肾脏专委会副主任委员单位，中华医学会重庆市分会儿科专委会肾脏学组组长单位，中华医学会儿科分会肾脏学组成员单位，中国医师协会儿科医师分会肾脏专家委员会副主任委员单位、风湿免疫专业副主任委员单位、儿童血液净化专家委员会成员单位及遗尿协作组成员单位，重庆市儿童遗尿疾病管理协作组组长单位。科室集医疗、教学、科研为一体，是西南地区最大的儿童肾脏病诊治中心及儿童血液净化中心。科室现有医生11人，博士生导师1人，硕士生导师1人。其中教授1人，副教授2人，主治医师3人；护士25人，其中副主任护师1人，主管护师3人。床位60张，收治住院病人约2000人/年。开设肾脏疾病专科专家门诊，年门诊量约25000-30000人次。
专科在长期临床工作中，积累了丰富的临床经验，对难治性肾病、夜遗尿、难治性尿路感染、急慢性肾炎、急慢性肾功能衰竭、继发性肾脏疾病的诊治达到国内先进水平。年均完成肾活检500余例，开展遗传性肾脏疾病的分子诊断，为多种肾脏疾病的准确诊断提供了保障；血液净化中心每年开展血液透析、血液滤过、血液灌流、血浆置换、免疫吸附等多种血液净化模式1000余台次，为各种中毒、急慢性肾功能衰竭、多脏器功能衰竭、免疫性脑炎、重症狼疮等疑难重症病例治疗提供了技术支撑，并率先在西部地区儿科领域开展了持续性、非卧床性腹膜透析，是国内临床应用规模最大、技术领先的儿童血液净化中心之一，雄厚的技术力量，吸引了全国多家儿童医院来医院进修学习，为儿童血液净化技术的开展培养了大批人才。近年来，建立了大重庆地区儿童肾脏疾病的双向转诊平台，现已成为国家级、区域性的儿童肾脏疾病诊治中心之一。
同时，获得10+项国家自然科学基金、省部级基金项目资助，及多项省部级奖励。其中，2013年李秋、王墨等主研的项目《儿童肾小球疾病慢性化进程的机制研究及临床应用》获得重庆市科技进步一等奖、教育部科技进步二等奖。
科室特色治疗：婴幼儿基础麻醉下肾穿刺病理检查，精确诊断孩子病情专科率先在西南地区开展基础麻醉下、B超精确定位肾活检，最小年龄仅为3月，为肾小球疾病的早期准确诊断、精心有效的治疗及判断预后提供了有效的保障。
遗传性肾脏疾病分子诊断专科率先在西部地区开展了遗传性肾脏疾病的分子诊断，是先天性肾病、遗传性肾炎、线粒体相关肾脏损害、遗传相关肾小管酸中毒、巴特综合征等多种遗传性肾脏疾病准确诊断的可靠保障。
难治性肾病的多靶点治疗专科在长期临床工作中，积累了激素联合免疫抑制剂、生物制剂、抗凝、降脂等一系列综合治疗的丰富经验，难治性肾病的治疗达到国内先进水平。
夜遗尿疾病管理2004年开展夜遗尿门诊，经过饮食及生活习惯指导、排尿功能训练、药物等综合疗法，疗效确切，增强了夜遗尿儿童的自信心。
尿毒症的替代治疗1999年开展终末肾的替代治疗，至今拥有慢性维持性血液透析、慢性维持腹膜透析、血液灌流等替代治疗方式，尤其持续性、非卧床性腹膜透析的开展，为居家的尿毒症患儿提供了更合理、更适宜的治疗技术，极大程度提高了患儿的生活质量。
婴幼儿血液净化技术专科于1997年开展血液透析治疗急性肾功能衰竭，是国内最早建立儿童血液净化室的单位之一，体外循环技术处理、抗凝等关键技术过硬，依靠多种血液净化技术提高了危重病人（尤其是3岁以内儿童）的救治水平及存活率，曾成功为体重仅2.3公斤早产儿实施了血液净化操作，挽救了患儿的生命。
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