巧克力囊肿患者可以应用亮丙瑞林、达菲林等促性腺激素和避孕药等西药进行治疗，能取得不错的效果；也可以服用丹参当归方剂、桃仁桂枝方剂、海藻白芥子方剂等中药汤剂，外用艾附囊肿贴治疗。

巧克力囊肿不但会让患者有痛经、性交疼痛、不孕等症状。囊肿增大后，还可能会出现破裂，让患者有剧烈的腹痛、大出血等症状，所以一旦确诊有这种疾病，应该积极治疗。病情较轻时可以应用药物进行保守治疗，病情严重时需要手术治疗。那么，巧克力囊肿如何用药呢？
　　一、西药治疗巧克力囊肿
　　1、促性腺激素
　　运用这类药物可以抑制雌激素的合成，让异位的内膜自己逐渐的萎缩，就能达到治疗的目的。目前临床上比较常用的促性腺激素有亮丙瑞林、诺雷德、达菲林、抑那通等，让卵巢暂时处在绝经的状态，就可以让巧克力囊肿逐渐缩小、萎缩。
　　2、避孕药
　　如果能合理应用避孕药，也可以控制子宫内膜的厚度，除了可以避孕之外，还可以降低雌激素的分泌，对于巧克力囊肿也有一定的治疗作用。
　　二、中药治疗巧克力囊肿
　　1、中药汤剂
　　（1）丹参当归方剂
　　应用丹参、昆布、海藻、当归、郁金、桃仁、丝瓜络等中药加水煎煮，每天服用一剂，分早晚两次服用，一个月是一个疗程，可以有效的治疗巧克力囊肿，而且副作用比较小。
　　（2）桃仁桂枝方剂
　　用桃仁、桂枝、大黄、甘草等中药加水煎煮服用，每天一剂，分早晚两次服用，坚持连续服药1~2个疗程，也能起到不错的效果。
　　（3）海藻白芥子方剂
　　用海藻、白芥子、桃仁、夏枯草等中药加水煎煮服用，可以活血化瘀、软坚散结、消肿止痛，对于巧克力囊肿也有很好的疗效，建议连续用药三个疗程。
　　2、中药贴剂
　　出现巧克力囊肿时，还可以应用艾附囊肿贴贴在小腹和后腰上，每贴贴三天，取下后休息1~2天再换新药贴，10次为一个疗程，可以起到软坚散结、活血化瘀、理气止痛的作用，对于巧克力囊肿能起到一定的治疗作用。