复杂性肛瘘病情较轻时，可以应用药物保守治疗，比如口服抗生素抗感染、注射纤维蛋白胶治疗等；病情严重时需要手术治疗，比较常见的手术方法有切开引流、瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术、HCPT微创手术等。

如果有两个以上的瘘管，或者瘘管长而弯曲就是复杂性肛瘘。出现复杂性肛瘘后，患者的肛门处会流脓，内裤经常会被分泌物污染，还带有一股浓重的恶臭气味，特别影响正常的生活，需要及时治疗，那么，复杂性肛瘘如何治疗比较好呢？
　　一、复杂性肛瘘的药物治疗
　　1.口服抗生素
　　如果病情比较轻，患者不想手术治疗，也可以口服药物进行保守治疗，比如应用抗生素抗感染，防止病情进一步加重等，但是药物只能控制病情，无法治愈，想要治愈需要进行手术治疗。
　　2.注射纤维蛋白胶
　　出现复杂性肛瘘后，也可以对患处注射纤维蛋白胶，让凝血酶激活纤维蛋白原，促使病情好转。因为不用切开肌肉组织，所以对患者的创伤小，损伤括约肌的风险低，还可以重复治疗。
　　二、复杂性肛瘘的手术治疗
　　1.切开引流
　　如果患者处在急性感染期，已经出现了脓肿，除了应用抗菌药物抗菌消炎之外，最好还能把脓肿切开引流，可以让病情尽快好转。
　　2.瘘管切开术
　　低位单纯性肛瘘患者可以进行肛瘘切开术，把腐烂肉芽组织去除干净，促使新的组织从底部向外生长。因为切开瘘管只是损伤部分括约肌，所以术后一般不会出现肛门失禁的情况。
　　3.挂线疗法
　　如果是高位单纯性肛瘘，可以选择这种治疗方法。大概10~14天后瘘管就能自行断裂，因为不会伤害到括约肌，所以不会引起肛门失禁。
　　4.肛瘘切除术
　　如果病情比较严重，也可以选择这种手术，把瘘管和周围组织分开切除，达到治愈的目的。
　　5.HCPT微创手术
　　这是目前治疗复杂性肛瘘比较常见的一种手术，通过直肠纤维镜，让手术器械进入肛门里边，在监视器下对患处进行微创电凝，很快就可以让患处固化、脱落，整个手术过程不疼痛、不出血，非常快速、彻底，治疗后复发率也比较低。